庆元地形属浙西南中山区，有溪谷、盆地、丘陵、低山、中山等多种地貌。地势呈东北向南倾斜。东、北部为洞宫山脉所踞，多崇山峻岭，多深谷陡坡，海拔1500米以上山峰就有23座，主峰百山祖海拔1856.7米，为浙江省第二高峰，百山祖北麓斋郎村海拔1210米，是全县最高居民点，山间盆（谷）地相对高度海拔600米～800米。西南部和中部是仙霞岭—枫岭余脉，地势较东、北部平缓，谷地较宽，山间盆（谷）地相对高度海拔330～600米，新窑村海拔240米，是全县最低点。