县境之内有大小溪流926条,较大的是松源溪(总长59千米,支流202条)、安溪(总长16千米,支流8 7条)、竹口溪(总长29千米,支流164条)、南阳溪(总长44千米,支流115条)、左溪(总长26千米,支流143条)、西溪(总长26千米,支流51条)、八炉溪(总长25千米,支流55条)。
分布在东部地区的南阳溪、左溪向东流入瓯江,西部地区的松源溪、安溪、竹口溪向西南流入闽江,东南部的西溪、八炉溪向东南注入福安江。有“水流两省达三江”之说。
较大的人工湖泊(水库)有兰溪桥水库(水域面积70公顷)、马蹄岙水库(25公顷)、大岩坑水库(41公顷)、左溪水库(83公顷)。